Nas páginas de Ms Marvel #25 (Vol 2, de 2008), a Secret Invasion* finalmente atinge Carol Danvers e os seus compatriotas. 

Líder de um esquadrão de meta-humanos da S.H.I.E.L.D, chamado Operation: Lightning Storm**, Carol Danvers, a.k.a Ms Marvel, vai conseguir infiltra-se numa das múltiplas bases da A.I.M. 
Será lá que ela se irá deparar com um Skrull bastante diferente do habitual.

Rl'nnd possuía os poderes de quatro X-Men (Cyclops, Wolverine, Colossus e Nightcrawler), o que o tornava um Super-Skrull. 

Algo altamente invulgar na época, até porque segundo era conhecido o Império Skrull apenas dispunha de um Super-Skrull e esse possuía as habilidades dos Fantastic Four.


 


Após uma breve batalha, o Skrull consegue fugir. 
Contudo, não tardará muito para que Carol se depare com uma outra Skrull. 

Esta última, a fazer-se passar pela Carol, matou o namorado da mesma, William Wagner (um Kree a viver na Terra), aproveitando ainda para virar a S.H.I.E.L.D contra a nossa heroína.


 


Carol não tem alternativa a não ser enfrentar a sua própria equipa (Ms Marvel #26). 
Após desmantelar o androide Machine Man, Carol é atacada pelo Skrull que havia usurpado a sua identidade. 

Eventualmente, ambas acabam por ser aprisionadas pela S.H.I.E.L.D no interior do Helicarrier que servia de base para a Operation: Lightning Storm. 

Será a bordo do mesmo que Carol, após conseguir provar a sua identidade, enfrenta o Super-Skrull X, Rl'nnd, que entretanto se havia infiltrado no interior da nave. 
Com a ajuda da S.H.I.E.L.D, Carol elimina este perigoso oponente.

Contudo, e enquanto Carol enfrentava Rl'nnd, a outra Skrull que se encontrava captiva, revela-se como sendo uma guerreira suicida, provocando uma violenta explosão que destrói o Helicarrier e a mata no processo (juntamente com inúmeros agentes da S.H.I.E.L.D). 


 


Como resultado dessa acção a Operation: Lightning Storm é quase toda ela inutilizada (Ms Marvel #27), com o hospedeiro humano de Sleepwalker a ficar gravemente ferido.

Carol (que volta à acção em Ms Marvel #28) vê-se então sozinha perante um exército de Super-Skrulls que está a invadir Nova Iorque. 

Após a explosão do Helicarrier, Carol viajou com o resto dos Avengers até à Savage Land (Secret Invasion #3), onde sofreria uma emboscada perpetuada por guerreiros Skrulls. 


 


A primeira dos heróis a conseguir regressar aos E.U.A, Carol depara-se com um Skrull que duplicava as habilidades do World Breaker Hulk. 
Sem conseguir equipar-se fisicamente à força bestial do Skrull, Carol usa a astúcia, levando o inimigo para o espaço e deixando-o lá para morrer asfixiado. 

Com esta atitude impiedosa, Carol consegue ganhar vantagem sobre os seus numerosos opositores que recorrem a uma táctica inesperada. 

Os Skrulls assumem a forma de humanos de forma a confundir Carol e ao mesmo tempo proteger-se dos seus ferozes ataques.

Contudo, eles não contavam que a na época líder dos Mighty Avengers***, tivesse poderes cósmicos fortes o suficiente para não só os encontrar, mas também os eliminar sem provocar qualquer dano aos humanos.


 


Já com muitos Super-Skrulls mortos à sua volta, Carol enfrenta um que estava a ameaçar destruir toda a cidade, ao bom e velho estilo do Godzilla (Ms Marvel #29). 
Este Super-Skrull, detentor das habilidades do Golias, não tarda também ele a cair às mãos da nossa heroína (Carol cega-lhe um dos olhos e empala-o com um guindaste).

Virando as suas atenções para a prisão de meta-humanos ao largo da cidade, a Raft, Carol salva um grupo de agentes da S.H.I.E.L.D que se encontravam presos no local. 
Será lá que ela se irá deparar com um Super-Skrull de imensurável poder (Ms Marvel #30). 

Este Skrull, em constante fúria, é capaz de duplicar a capacidade de inúmeros vilões e heróis ao mesmo tempo. 
Uma espécie de Dial H for Hero (da concorrente DC), o Skrull mostra-se demasiado poderoso para a exausta Carol. 


 


Com um cenário negro a pairar sobre si, Carol decide então guiar o seu oponente para o coração da cidade, onde se encontram mais Super-Skrulls. 

Carol opta por este arriscado plano de acção após perceber que devido ao seu vasto poder e temperamento, este Skrull, denominado Hydra Prime 001, era temido pelos restantes. 

Na verdade, o Império Skrull havia prendido Prime nas profundezas da Raft por esse mesmo motivo (o monstro foi acidentalmente liberto). 

Numa atitude de dividir para conquistar, Carol espera que Prime elimine os restantes Skrulls, para depois o enfrentar novamente, já com ele exausto.

O plano resulta, e Carol consegue abater o seu poderoso opositor, evitando que Nova Iorque caía nas mãos dos Skrulls, ao aguentar o forte até à chegada dos Avengers (New e Mighty) e dos Fantastic Four.


*Nota: Uma tentativa de infiltração da Terra em larga escala protagonizada pelo Império Skrull.

**Nota: Desta divisão especial da S.H.I.E.L.D faziam parte Machine Man, Sleepwalker, Doc Farrell e os agentes Sum, Locke e Baines.

***Nota: Após a Civil War, Tony Stark, o novo director da S.H.I.E.L.D, vai não só dar a Carol a sua própria strikeforce dentro da organização, como também a vai nomear líder da equipa sancionada de Avengers, que incluíam: Iron Man (o próprio Stark), Black Widow, Sentry, Ares, Wasp e Wonder Man.