Para cada situação existe uma determinada maneira de a resolver.
 Foi tendo por base esta linha de pensamento que Nick Fury se decidiu a criar, dentro da S.H.I.E.L.D, divisões específicas para parar aqueles cujas habilidades são tudo menos normais.

     Uma das suas primeiras tentativas viria com a criação da unidade especial conhecida como Super-Agents. 


    Fazendo a sua estreia nas páginas de Captain America #217, corria o ano de 1978, os Super-Agents tinham uma missão muito simples e objectiva. 
Defender a América de ataques meta-humanos ou mutantes. 

     Composta originalmente por Vamp, Marvel Man, Blue Streak e Texas Twister, a equipa teria curta duração, acabando por ser desmantelada após a traição de dois dos seus membros em Captain America #229. 


     Contudo, e apesar do fracasso desta primeira tentativa, uma segunda formação vai ser constituída com a chegada de quatro novos recrutas (Psiborg, Knockout, Ivory e Violence), em Nick Fury, Agent of S.H.I.E.L.D #34, de 1992.

      Esta nova fornada não se irá revelar mais duradoira e acaba em nova traição durante o ataque dos Deltites no número 45 da revista referida anteriormente.


     O advento da Civil War, que conduziria à cisão da comunidade heróico, contribuiria para a criação dos primeiros Avengers directamente ligados à S.H.I.E.L.D por via do seu director, Tony Stark. Apelidados de Migthy Avengers e liderados pela Miss Marvel, esta nova formação incluía ainda Iron Man, Wasp, Ares, Sentry, Black Widow e Wonder Man.

     Apartir deste momento, e mesmo com as eventuais mudanças na liderança da S.H.I.E.L.D, passaria a existir sempre pelo menos uma formação de Avengers ligada à agência. 


     Com a chegada a Initiative, Stark deu ainda o aval para que Carol Danvers, para além da liderança dos Avengers, pudesse ainda dispor da sua própria equipa de black-ops. 
Chamada de Operation: Lightning Storm, esta nova divisão da S.H.I.E.L.D pretendia atacar os vilões mais perigosos do Universo Marvel antes destes se tornarem numa ameaça para os Avengers. 

     Estreando-se em Miss Marvel #14 (vol 2), a Lightning Storm tinha como membros, para além da sua líder Carol, o Avenger Wonder Man, a jovem Aranã, o agente Sum, o estranho Machine Man e o misterioso Sleepwalker. 

     A equipa seria, contudo, extinta após a conclusão de Secret Invasion e a chegada de Norman Osborn ao comando da S.H.I.E.L.D. 


     Durante o período conturbado que foi a Secret Invasion e o Dark Reign, Nick Fury, que havia estado um pouco ausente da liderança da agência que ajudou a fundar, vai criar os Secret Warriors. 

     Este grupo secreto de meta-humanos e mutantes seria integrado na S.H.I.E.L.D após a queda de Osborn, sendo de destacar que alguns lograram mesmo juntar-se aos Avengers, como é o caso da agente Daisy, também conhecida como Quake. 


     Em 2010 seria a vez de Steve Rogers assumir o controlo da S.H.I.E.L.D e, com isso, criar os Secret Avengers, que basicamente funcionavam como uma covert-ops da formação principal. 

     Originalmente constituídos pela Black Widow, War Machine, Moon Knight, Beast, Nova, Ant-Man e Valkryie, os Secret Avengers eram liderados por Rogers, que na época assumir a identidade de Super-Soldier. 

   Os Secret Avengers conheceriam diversos líderes, entre eles Hawkeye e Captain Britain, mas permanecem activos nos dias que correm.