O mutante mais conhecido da Marvel tem uma longa história como diversos integrantes da S.H.I.E.L.D. 

     Logan lutou ao lado de Steve Rogers e Nick Fury em mais que uma ocasião durante a Segunda Grande Guerra. 
Foi, também, Logan quem salvou uma pequena Natasha das garras da HYDRA, por volta da mesma altura. 

     Contudo, e apesar de haver fortes possibilidades, Logan nunca se tornou um agente da S.H.I.E.L.D, assumindo antes a identidade de Wolverine e juntando-se aos seus compatriotas mutantes nos X-Men.



     Em outras realidades, todavia, não seria assim.
Nas páginas de What If? #7, o perigoso mutante, então um operativo canadiano ao serviço do Departamento H (os serviços especiais daquele país), vai ser convidado a realizar uma pequena acção conjunta com a S.H.I.E.L.D.

     Ajudando a organização com o problema Deltite, Logan vai ser fulcral na captura dos líderes da HYDRA, Viper e Baron Strucker.
Convidado a juntar-se à S.H.I.E.L.D a tempo inteiro, Wolverine vai aceitar.

     Normalmente, fazendo parceria com a Black Widow, Logan irá ascender ao cargo de director, após a morte de Fury.



     Durante House of M, também podemos ver um Wolverine que não só era agente da S.H.I.E.L.D, como também possuía a sua própria equipa de agentes, a Red Guard.

    Esta S.H.I.E.L.D era, contudo, bastante diferente.
 Constituída maioritariamente por mutantes, a organização era chefiada por Sebastian Shaw, e prestava contas ao Monarca de Genosha e dos antigos EUA, Magneto.

   Em um Mundo onde a raça mutante constituía 98% da população, a Red Guard de Wolverine era vista como a equipa do povo, e o equivalente dos Avengers.
Os seus membros consistiam em Wolverine, Mystique, Toad, Rogue, Nightcrawler e a única humana do grupo, Jessica Drew, a.k.a Spider-Woman.